Hola, puedes calcular la fragmentación de un bosque utilizando la extensión FRAGSTATS: Spatial Pattern Analysis Program for Categorical Maps, personalmente no la he utilizado, pero voy a probarla a manera de ejercicio, ya que me causo curiosidad, aquí te dejo el link de la página en la que puedes descargar la extensión para ArcGis y el tutorial.
Saludos !
http://www.umass.edu/landeco/research/fragstats/downloads/fragstats_downloads.html
http://intranet.catie.ac.cr/intranet/posgrado/curso_ecologia_paisaje/presentaciones/consideraciones_iniciales.pdf