Puedes importar los projectos APR en ArcGIS, si cuentas con la versión 9.x los puedes hacer desde el menú File > Import from ArcView Project, pero si tienes la versión 10, debes agregar el ícono Import from ArcView Project desde el menú Customize > Toolbar > Customize > Commands > File (debes arrastrar el ícono a una barra de herramientas).
Toma en cuenta que debes contar con todas las capas de tu proyecto de ArcView 3.x, y va sufrir algunas modificaciones, mejor dicho no se verá exactamente igual como antes.