Hola Betin, para corregir el desfase quizás te pueda servir hacer esto en ArcGis:
1. Elige uno de los raster, el cual va a servir de refencia al otro.En Spatial Analyst, fijas el "Extent y Cell Size" a la capa de referencia y dejas que "Analys Mask" se establezca en ninguno.
2. Para los datos continuos, utilizas la herramienta "Resample" ahí defines los parámetros, eliges el otros raster al que quieres "resampling" y en cell size defines la capa de referencia que definistes, para que el tamaño de celda coincida el uno con el otro, los métodos más utilizados son el Bilinear y Cubic (normalmente Cubic)
Espero que te sirva. Saludos